تنها موزه تخصصی ایران در زمینه هنرهای قرآنی، در سال ۱۳۸۴ در فضایی به مساحت ۱۰۰۰۰ مترمربع به بهره برداری رسید. این موزه که در شمال غربی تقاطع خیابان امام خمینی (ره) و خیابان ولی عصر (عج) و در مجاورت کاخ مرمر و کاخ سنا (ساختمان مجلس خبرگان) واقع شده است، از سه بخش اصلی موزه، کتابخانه تخصصی و امور اداری تشکیل شده است. تمامی این قسمتها به طور کامل در سه طبقه و در عمق ۱۴ متری زمین تعبیه شدهاند و موزه از این حیث، ویژگی منحصر به فردی دارد.
دسترسی به موزه از طریق دو درب ورودی آن امکان پذیر است. نخستین درب موزه در تقاطع خیابان امام خمینی (ره) و خیابان ولی‌عصر (عج) واقع دشه و درب دوم نیز دسترسی مستقیم به خیابان ولی عصر(عج) دارد.
کلنگ احداث ساختمان کنونی موزه ملی قرآن، در سال ۱۳۵۴ تحت عنوان فرهنگسرا به زمین زده شد و تا پیروزی انقلاب اسلامی در بهمن ۱۳۵۷، اجرای پروژه در حدود ۲۵ درصد پیشرفت داشت. پس از آن برای مدتی طولانی، ادامه کار متوقف و ساخت فرهنگسرا از دستور کار خارج شد. این روند ادامه یافت تا اینکه در نهایت در سال ۱۳۷۳، به دستور مستقیم دکتر حسن حبیبی (معاون وقت رئیس‌جمهور) ادامه ساخت بنا آغاز و پس از تکمیل تحویل سازمان میراث فرهنگی کشور قرار میگیرد.
گنجینه موزه دربردارنده نسخ خطی قرآنی و چاپ سنگی قرآن کریم، دیوان شعرای برجسته ایرانی نظیر سعدی، حافظ و مولانا، طومارها، کتب ادعیه و قطعات قرآنی، متعلق به سده چهارم هجری تا اواخر عصر قاجاریه است. همچنین در این موزه آثار برجستهای از انواع هنرهای مرتبط با کتابت قرآن نظیر تذهیب، تشعیر، تجلید، خوشنویسی و … حفظ و نگهداری میشود که نه تنها در زمره نفیس‌ترین آثار موجود در کشور هستند، بلکه به سبب امکانی که برای بررسی و شناخت سیر تاریخی هنرهای قرآنی در اختیار پژوهشگران قرار میدهد، حائز اهمیت ویژهای است.
بخش دیگر موزه به نمایش اشیایی چون ظروف، گلدان، جعبه، قلمدان، سکه، جامه و… پرداخته است. شاخصه این آثار استفاده از آیات قرآنی یا ادعیه در تزیینات آنها است.
در بخش سوم آثاری از هنرمندان معاصر که در آنها کلام وحی و ادعیه نمود یافته است در گونه‌های مختلفی چون نقاشی، خوشنویسی، نگارگری و … به نمایش درآمده است.
موزه در چهار بخش نمایشگاهی دائمی، موقت، سیار و مجازی آثار خود را در معرض دید علاقمندان قرار میدهد. در بخش نمایشگاه‌های دائمی موزه آثاری قرار دارند که در فهرست آثار ملی ایران ثبت شده باشند. این آثار در حال حاضر شامل ۱۶ عنوان است که در سالن منفی ۲ موزه به معرض نمایش درآمدهاند.
بخش دیگری از نمایشگاه دائمی موزه به نسخههای خطی مرمت شده اختصاص یافته است. در این بخش تاکنون ۱۰ اثر ارزشمند پس از مرمت در معرض دید علاقمندان قرآنی قرار گرفته است. از جمله این آثار برگ‌هایی از قرآن بایسنقری، قرآن‌های خط کوفی، نسخه شمس‌الدین عبدالله، قرآن منسوب به حضرت امام حسن عسکری (ع)، قرآن شاه بیگم (ضیاءالسلطنه) است. در میان این آثار قرآن‌های منسوب به دست‌خط مبارک حضرت علی(ع) و امام حسن (ع) شاخص است.
گالری استاد غلامحسین امیرخانی بخش دیگری از گنجینه دائمی موزه را به خود اختصاص داده است که در آن تعداد ۲۰ اثر قرآنی ایشان به نمایش درآمده است.
بخش پایانی نمایشگاه‌های دائمی موزه قرآن به نمایش شجرهنامه معتبر از شخصیتهای مدفون در بقاع متبرکه ثبت شده در فهرست آثار ملی کشور اختصاص دارد.
جدا از آثار نفیس به نمایش درآمده در موزه، معماری منحصر به فرد آن نیز مورد توجه قرار دارد. در این گونه خاص از معماری که طراحی بخش عمده‌ای از آن بر عهده بهروز احمدی بود، توجه ویژهای به استفاده از بتون به عنوان مصالح غالب شده است. این فرم مدرن در مجاورت آرایههای تزئینی معماری ایرانی ـ اسلامی که در قالب مجموعه‌ای از اشکال هندسی نمود یافته، فرم دلنشینی را پدید آورده که ذهن هر مخاطبی را به سوی خود جلب میکند. استفاده هوشمندانه از این اشکال به‌ویژه در طراحی سرسرای اصلی و شمسه‌های منقطع شده در طبقات قابل اشاره است. همچنین سازه بتونی در اغلب فضاها فرم اصلی معماری داخلی را نیز به خود اختصاص داده است، از جمله تلفیق این سازه در سقفها و دیوارها با فرم‌های هندسی نوعی نوآوری در معماری ایرانی ـ اسلامی به شمار میآید. استفاده از بتون نما (بتن تیشه‌ای با سیمان سفید) و آجرنما در فضاهای داخلی، به پایداری تصویری بنا کمک کرده و آن را بینیاز از رنگ‌آمیزی مداوم و تغییر در فضای دیداری موزه نموده است. همچنین با تعبیه نورگیرهای سنتی در بام مجموعه، بخش وسیعی از محوطه داخلی موزه در اغلب ساعات روز بی نیاز از نور مصنوعی گردیده است. همچنین برای جلوگیری از بروز رطوبت معمول در زیرزمین یک دیواره دوجداره با عایق بتنی کل محیط خارجی موزه را پوشش داده است.
موزه ملی قرآن کریم علاوه بر بخشهای نمایشگاهی و اداری، شامل قسمت‌های دیگری چون نمازخانه، سالن اجتماعات (آمفی تئاتر)، تالار مطالعه، تالار امانت نشریات، تالار سمعی ـ بصری، فروشگاه و مکان‌های ویژه استراحت و پذیرایی میباشد.
